一篇新的研究论文发表在Oncotarget 上，题为“用于确定肌肉浸润性膀胱癌新辅助化疗敏感性的预测分子生物标志物”。
基于临床病理学特征和分子分型，确定肌肉浸润性膀胱癌(MIBC)患者的新辅助化疗(NAC) 反应的成功有限。确定对化疗有反应的队列将有助于向最有可能受益的人群提供服务。
在这项新研究中，来自诺斯韦尔霍夫斯特拉 / 诺斯韦尔的唐纳德和芭芭拉·扎克医学院的研究人员 Neal Murphy、Andrew J. Shih、Paras Shah、Oksana Yaskiv、Houman Khalili、Anthony Liew、Annette T. Lee 和 Xin-Hua Zhu Health Cancer Institute、Feinstein Institutes for Medical Research 和 Mayo Clinic 旨在开发一种分子特征，可以使用一组已知的 NAC 反应表型来识别 MIBC NAC 反应者 (R) 和无反应者 (NR)，并更好地了解 MIBC NAC 反应表型的差异。 NAC R和NR之间的分子途径和亚型分类。
“因此，我们具有已知化疗反应表型的 MIBC 患者群体代表了一个独特的队列，可以了解驱动 NAC 反应的分子机制并确定与 NAC 反应真正相关的分子特征，”研究人员说。
研究小组展示了来自 MIBC 患者发现队列的初始经尿道膀胱肿瘤切除术 (TURBT) 样本的信使 RNA (mRNA) 和 microRNA (miRNA) 差异表达谱，该队列由 7 名已知 NAC R 和 11 名 NR 组成，验证队列包括3 R 和 5 NR。NAC 后膀胱切除术时的病理反应用于将初始 TURBT 标本分类为 R (pT0) 与 NR (≥pT2)。来自 FFPE 块的 RNA 和 miRNA 分别使用 RNAseq 和 qPCR 进行测序。
发现队列有 2309 个基因，而验证队列有 602 个基因和 13 个在 R 和 NR 之间差异表达的 miRNA。基因集富集分析确定了 R 发现队列中的线粒体基因表达、DNA 复制起始、DNA 解旋和 NR 发现队列中血管相关平滑肌细胞增殖的正调节。
典型相关 (CC) 分析用于区分 R 与 NR。3 个 CC(CC13、CC16 和 CC17)在发现和验证数据集中的 AUC >0.65。
基因本体富集显示CC13为三磷酸核苷代谢过程，CC16为细胞周期和细胞对DNA损伤的反应，CC17为DNA包装复合物。所有患者均使用已建立的分子亚型进行分类：Baylor、UNC、CIT、Lund、MD Anderson、TCGA 和 Consensus Class。MD Anderson p53-like 亚型、CIT MC4 亚型和 Consensus Class 基质丰富亚型与 NR 表型的相关性最强，而没有亚型与 R 表型有很强的相关性。
“我们的结果确定了可用于区分 MIBC NAC R 与 NR、显着分子途径差异的分子特征，并突出了分子亚型与 NAC 反应相关的效用，”研究人员总结道。